Institut Ilmu Al-Quran (IIQ) Jakarta merupakan lembaga pendidikan mahasiswa berbasis Al-Quran yang memadukan antara pendidikan formal dengan pendidikan non formal. Hal tersebut terbukti karena proses belajar mengajar tidak hanya dilakukan di bangku kuliah saja, akan tetapi dalam lingkup pesantren proses belajar mengajar pun tetap berlangsung. Proses belajar mengajar di pesantren dapat dibilang berbeda dengan proses di bangku kuliah. Karena dalam dunia pesantren ini, kajian keilmuannya difokuskan pada kitab-kitab turats.

Tujuan Keberadaan Pesantren “Takhasus IIQ Jakarta” adalah untuk memudahkan pembinaan dan menunjang keberhasilan pendidikan di IIQ Jakarta, baik dalam bidang tahfizh, tahsin, ulumul quran, akademik, maupun pembentukan perilaku. Sebagai tempat belajar kedua, sudah selayaknya Pesantren menjadi tempat hunian yang nyaman dan kondusif, apalagi dengan adanya kewajiban menghafal Al-Quran selama masa studi.

Adanya pesantren diharapkan mampu memainkan peran sentral dalam menunjang keberhasilan pendidikan di IIQ Jakarta, khususnya dalam bidang tahfidz, tahsin dan ulumul qur’an. Keberadaan pesantren adalah sebagai unsur penunjang terwujudnya tujuan pendirian IIQ yakni mencetak ulama dan sarjana wanita yang hafal Al-Qur’an.

Letak Pesantren Takhasus “IIQ Jakarta” bisa dibilang sangat strategis (arah ciputat – parung) yang beralamat di jl. Moh Thoha no. 31 Pamulang Timur Tangerang Selatan (kode pos 15417). Pesantren ini diasuh oleh Dr. Kh. Ahmad Fathoni, Lc., M.A.